...
Сохраняем настройки и пробуем загрузить. В моем примере получились такие настройки:
Если у вас сгруппировалось после этого только часть групп, то скорее всего есть группы, у которых форматирование отличается от того, которое задали в настройках, либо в прайсе есть еще дополнительный уровень групп, который вы не описали в макросе - такие группы станут первым уровнем. Если прайс делается вручную и каждый уровень групп выделяется цветом вручную, то скорее всего даже не стоит пытаться загрузить группы из такого прайса, потому что вручную могли наверняка использовать разные оттенки какого-то цвета для выделения группы и все их учесть невозможно.
Удаление всех групп из прайса
Если что-то загрузилось с группами не так, можно удалить только группы прайса, при этом оставить товар, чтобы не пропали привязки. Для этого во вкладке Прайсы выберите слева нужный прайс и нажмите эту кнопку: