Чтобы товары были не только в верхних категориях, но и в других, нужно прописать для каждой такой категории правила, по которым они попадают в эту категорию. Для добавления правила нужно 2 раза кликнуть по категории и в карточке перейти во вкладку "Привязать товар"
Например, все люстры добавляются по умолчанию в папку Люстры. Чтобы они попали дополнительно в подгруппу "подвесные", можно добавить следующие правила:
Добавление по названию товара
Часть подвесных люстр так и называется "Подвесная люстра такая-то", соответственно нужно выбрать товары, название которых начинается с "Подвесная люстра"
Для этого добавляется правило в группу
p.title like 'Подвесная люстра%'